三院是清华园内最早的建筑物之一，与清华学堂、同方部等均为同期建筑，位于大礼堂以北，图书馆以西。初建时，三院的总面积5117平方米，共有前后四排。第一排为教室，第二三排为学生宿舍，第四排为食堂和厨房。三院为中等科（相当于四年制中学的头三年）学生（男生）的主要活动场所，所以历史上也叫“中等科”。改办大学以后，清华园内文、法学院的许多著名学者，如冯友兰、朱自清、陈寅恪、闻一多、陈岱孙等，都曾在这里授课。后来，这里也曾被学生用作开展文艺活动的场所。

三院值得铭记，不仅因为它是老一辈大师和学生们思想交流和碰撞的场所，三院的教室也是清华人爱国精神的见证者。

1926年11月，中国共产党华清华第一个支部就在三院教室秘密诞生。当时有党员三人，书记为在图书馆工作的职员王达成。自建立以来，清华党组织紧密团结师生员工，奋力拼搏，开拓进取，谱写了辉煌篇章。从“一二·九”运动的中坚力量到西南联大时期抗战大后方的“民主堡垒”，清华党组织始终走在最前面。到1931年，支部中已有10多位成员，主要工作是作群众性的宣传，如开办民众夜校，教习文化、宣讲革命。这一时期曾担任清华党支部书记的冯仲云和张甲洲后来都成为东北抗日战场上的重要将领。

抗战期间，三院遭敌寇破坏。抗战胜利、清华复员以后，三院的后三排建筑因已属危险房屋而被拆除，但第一排经修缮后留作纪念。二十世纪八十年代为建设图书馆逸夫馆，将这仅有的一排三院建筑也予以拆除了。三院从此走入历史长河，仅留下遗址任后人遐思缅怀。

三院从一座建筑的角度，既展现了清华的悠久历史，又记载着清华人为民族解放、人民幸福而追求真理、英勇斗争的历程。为继承和弘扬清华优良的文化传统和光荣的革命传统，学校在三院原址——清华第一个党支部的诞生地附近设立纪念物。2016年12月30日，“三院遗址·清华第一个中共支部诞生地”纪念物在图书馆逸夫馆东南门和西南门之间的草坪内落成揭幕，该处恰为原三院正门所在位置。纪念物选用红砂岩石制成（宋代流传至今的大足石刻即为此材质），造型为以中国的经幢形式融合西方的箭方碑形式的塔形纪念物，下宽约56厘米，上宽约53厘米，高约1.4米。著名建筑学家、图书馆逸夫馆和李文正馆的设计者关肇邺院士亲自指导了纪念物设计。纪念物正面，镌刻着百岁老学长宋平题写的“三院遗址”以及魏碑体的“清华第一个中共支部诞生地”。纪念物顶部，以三院主体建筑薄浮雕的形式慢慢渐显，象征党的革命立场，逐步发出耀眼光芒；从另一个角度看，则是慢慢渐隐，象征随着时代前行，老三院在岁月中慢慢隐去，为新的建筑代替。纪念物背面镌刻铭文。